Chùa Từ Tôn nằm trên đảo Hòn Đỏ khoảng 20.000 mét vuông, thuộc Phường Vĩnh Thọ, Thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa. Đảo cách bờ khoảng 300 mét, chùa được xây dựng vào thập niên 1960 do HT. Thích Viên Mãn khai sáng.
Điểm đặc biệt là Chùa Từ Tôn là một bãi đá màu đỏ tự nhiên rất đẹp, nên gọi là Hòn đỏ.
Để đến chùa Từ Tôn, khách phải đi bằng ghe máy khi nước lên. Vào những hôm nước xuống, du khách có thể lội bộ qua. Khách phải đi theo lối mòn ở phía Tây để đến trước hướng chính Nam của chùa. Mặt chính Nam của chùa nhìn về các quần đảo như Hòn Yến, Hòn Tre…
Năm 1960, TT Thích Viên Mãn ra đảo khai hoang phục hóa, dựng am tu hành, ban đầu chỉ là một hòn đảo hoàn toàn đá đỏ. Hòa thượng đã đem đất và nước tưới từ đất liền ra đắp lên để trồng cây suốt 6 năm ròng rã và sau đó cùng Tăng ni và các Phật Tử sau này xây chùa và đặt tên là chùa Từ Tôn.
Hòa thượng đã làm nên một kỳ tích từ chính đôi tay cùa mình. Mỗi ngày làm một ít, từ trồng cây, chăm sóc tôn tạo.
Đến nay, từ một hòn đảo trơ trọi toàn đá thì nay toàn cây xanh, có những cây có tán lá rộng làm mát mẻ cho cả một hòn đảo xanh tươi.
Chùa Từ Tôn là một thắng cảnh rất đẹp của Phật giáo Tỉnh Khánh Hoà và điểm đến của du khách thập phương khi đi du lịch tới thành phố biển Nha Trang.
Chùa Từ Tôn hiện nay do HT. Thích Viên Mản làm viện chủ, ĐĐ. Thích Chúc Minh làm trụ trì.