Am Lò Rèn
Từ chùa Giải Oan, đi theo đường hành hương lên núi khoảng 800 mét, rẽ vào phía trái cách đường hành hương 20 mét, du khách sẽ đến am Lò Rèn. Am xưa nay chỉ còn dấu tích. Đây là nơi rèn đúc các dụng cụ cuốc, xẻng, dao, kéo và các đồ dùng khác phục vụ cho lao động trồng dược liệu, trồng hoa, chế biến thuốc… và cho đời sống sinh hoạt của các Thiền sư và Phật tử ở đây.
Am Hoa
Am Hoa nằm ở núi Thanh Long, phía Đông chùa Hoa Yên. Am Hoa xưa làm nơi bảo dưỡng qua đêm những bó hoa tươi được hái từ khu vườn hoa trồng gần đó trước khi đưa về các chùa trên núi dâng cúng Phật vào mỗi sáng. Am Hoa nay chỉ là phế tích. Các nhà khảo cổ còn tìm ra dấu vết của các cấp kè bậc đá nền am và ba ngôi tháp gạch đổ.
Am Dược (am Thuốc)
Am Dược là nơi Tam Tổ Trúc Lâm và các ngự y trồng, bảo quản, bào chế các cây thuốc khai thác trong rừng thành những viên thuốc quý, không chỉ chữa bệnh cho các nhà Thiền sư tu hành tại Yên Tử mà còn cung cấp cho triều đình, ban phát cứu dân khi dịch bệnh. Sách Đại Việt sử ký toàn thư ghi rõ: “tháng 7 năm đó (1299) dựng am Ngự Dược ở núi Yên Tử”.
Am xưa đổ nát, song vẫn còn kiến trúc xưa khá rõ: Diện tích nền am 95 mét vuông, kiến trúc hình chữ Đinh (丁) gồm ba gian Tiền đường và một gian hậu cung, được xây bằng những khối đá hình hộp chữ nhật. Gần am vẫn còn dấu vết của bốn ngôi tháp cổ, gồm ba tháp gạch, một tháp đá; bia tháp ghi: Linh Quang bảo tháp thờ Thiền sư tên húy là Diệu Viên, tên hiệu là Minh Minh, tháp được xây năm 1734.
Quanh am có nhiều cây tùng cổ, các cấp nền kè đá, đường đi lại quanh am và lối xuống suối Bạc người xưa kè bằng đá.
Am Diêm
Am Diêm xưa kia Tam Tổ Trúc Lâm và các Thiền sư Yên Tử dùng để dự trữ muối. Muối được mang từ miền xuôi lên, chứa vào am rồi cấp dần cho các chùa trên núi. Am Diêm nay chỉ còn nền am.
Am Thiền Định
Am Thiền Định nằm cách chùa Hoa Yên khoảng 500m về phía Tây. Tương truyền am là nơi tọa thiền của Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông. Am xưa không còn, nay chỉ còn nền am nằm bên cạnh con đường dẫn ra thác Ngự Dội và Thác Vàng, cách Thác Vàng và Thác Ngự Dội khoảng 150m.