Trong chùa có rất nhiều tượng pháp, đủ loại tượng: Tượng Phật, tượng các vị Tổ dòng Trúc Lâm, tượng các vị sư Tổ sau này, tượng Hộ pháp, tượng La Hán…Trong số những đồ thờ tự ở đây, có chiếc mõ dài gần nửa mét, được sơn đen bóng, lỗ thoát âm có đề hai dòng chữ Phạn.
Chùa Vĩnh Nghiêm xưa là nơi đào luyện tăng đồ Phật giáo nên là nơi tàng trữ để các bộ ván kinh xưa rộng tới 10 gian nhà. Đó là những bộ ván kinh có từ 700 năm nay, là kho sách cổ vô cùng quý giá, như: Sa di tăng Sa di lì tỷ khiêu lỵ (348 giới luật), bộ Yên Tử nhật trình từ thế kỷ 15 (quá trình hình thành phái Trúc Lâm), Hoa nghiêm sớ, Di đà sớ sao,Đại thừa chỉ quán, Giới kinh ni… Nhiều kệ ván in kinh vẫn còn. Đó là kho ván khắc in, người xưa gọi là mộc thư khố là hiện vật minh chứng chùa Vĩnh Nghiêm từng thống lãnh 72 chốn tùng lâm. Hiện nay, kho mộc thư vẫn lưu giữ được 34 đầu sách với gần 3000 bản khắc, mỗi bản có hai mặt, mỗi mặt 2 trang sách khắc ngược (âm bản) khoảng 2000 chữ Nôm, chữ Hán. Những bản khắc có niên đại sớm nhất, nhiều sách nhất, chữ chuẩn đẹp nhất và đạt đến độ tinh xảo, trong số mộc thư còn lưu giữ được ở nước ta. Từ những ván khắc đó, có thể in ra đủ biên lan, bản tâm, ngư vĩ, thiên đầu, địa cước. Biên lan có khung viền lề trang sách là một đường chỉ to và một đường chỉ nhỏ. Bản tâm cho biết tên sách, thứ tự trang sách. Thượng hạ Bản tâm có Ngư vĩ theo kiểu song Ngư vĩ. Tả hữu, thượng hạ Biên lan có Thiên đầu – Địa cước. Các bản mộc thư chủ yếu ghi chép kinh luật nhà Phật, lịch sử hình thành và phát triển thiền phái Trúc Lâm, trước tác của 3 vị tổ thiền phái là Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang; ngoài ra còn có các tác phẩm thơ, phú, nhật ký của Mạc Đĩnh Chi và một số vị cao tăng. Nghiên cứu mộc thư khố, chúng ta có lượng thông tin phong phú, đa dạng về lịch sử Phật giáo, tư tưởng hành đạo, nhập thế của thiền phái Trúc Lâm, văn học, phong tục tập quán cùng sự phát triển của nghề khắc in mộc thư và nghệ thuật chạm khắc gỗ của Việt Nam.
Đặc biệt một số mộc thư giới thiệu cách chữa bệnh bằng thuốc nam, cách châm cứu với bản sơ đồ chỉ dẫn các huyệt rõ ràng. Hiện nay phòng mạch của nhà chùa vẫn kế thừa các bài thuốc ghi trong mộc thư để chữa các bệnh về thần kinh, đau xưng khớp và các bệnh về tiêu hóa.
Việt Nam từng đệ trình lên UNESCO hồ sơ mộc bản kinh Phật chùa Vĩnh Nghiêm đề nghị công nhận là di sản tư liệu thế giới. Hồ sơ mộc bản kinh Phật chùa Vĩnh Nghiêm cũng đã lọt qua vòng sơ duyệt của UNESCO. Trong kỳ họp của Ủy ban Ký ức thế giới khu vực châu Á – Thái Bình Dương diễn ra tại Bangkok – Thái Lan từ 14-16/5/2012, mộc bản kinh Phật chùa Vĩnh Nghiêm đã được công nhận là Di sản ký ức thế giới khu vực châu Á – Thái Bình Dương năm 2012. Tối 6/10/2012, tại Bắc Giang, bà Katherine Muller Mari – Trưởng đại diện UNESCO tại Việt Nam đã trao Bằng công nhận mộc bản chùa Vĩnh Nghiêm là di sản tư liệu ký ức thế giới. Sự kiện này được xếp thứ 2 trong 10 sự kiện văn hóa, thể thao và du lịch nổi bật nhất năm 2012 của Việt Nam.
