Kinh đô Huế là thủ đô của quốc gia Việt Nam thống nhất từ năm 1802, sau khi Nguyễn Ánh lên ngôi hoàng đế mở đầu cho nhà Nguyễn, vương triều phong kiến cuối cùng trong lịch sử Việt Nam. Huế kết thúc sứ mệnh là thủ đô Việt Nam vào năm 1945 khi vị hoàng đế cuối cùng của nhà Nguyễn là Bảo Đại thoái vị. Kể từ đó thủ đô Việt Nam một lần nữa lại được chọn là Hà Nội, Kinh đô Huế xưa trở thành Cố đô.Quần thể di tích Cố đô Huế có thể phân chia thành các cụm công trình gồm các cụm công trình ngoài Kinh thành Huế và trong Kinh thành Huế.
Năm 1306, Công chúa Huyền Trân về làm vợ vua Chiêm là Chế Mân, đổi lấy hai châu Ô và Rí làm sính lễ. Năm 1307, vua Trần Anh Tông tiếp thu vùng đất mới và đổi tên là châu Thuận và châu Hóa. Việc gom hai châu này làm một dưới cái tên phủ Thuận Hóa được thực hiện dưới thời nội thuộc Nhà Minh. Đến đời Nhà Hậu Lê, Thuận Hóa là một đơn vị hành chính cấp tỉnh. Năm 1604, Nguyễn Hoàng đã cắt huyện Điện Bàn thuộc trấn Thuận Hóa, nâng lên thành phủ, sáp nhập vào trấn Quảng Nam. Thuận Hóa dưới thời các chúa Nguyễn, (thế kỷ XVII- XVIII) là vùng đất trải dài từ phía nam đèo Ngang cho tới đèo Hải Vân.
Năm 1626, để chuẩn bị cho việc chống lại quân Trịnh, Chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên dời dinh đến làng Phước Yên (Phúc An) thuộc huyện Quảng Điền, tỉnh Thừa Thiên và đổi Dinh làm Phủ.
Năm 1636, Chúa Thượng Nguyễn Phúc Lan chọn làng Kim Long, thuộc huyện Hương Trà, tỉnh Thừa Thiên, làm nơi đặt Phủ. Năm 1687, Chúa Ngãi Nguyễn Phúc Trăn, dời Phủ chúa về làng Phú Xuân, thuộc huyện Hương Trà và năm 1712, chúa Minh Nguyễn Phúc Chu dời phủ về làng Bác Vọng, huyện Quảng Điền, Thừa Thiên làm nơi đặt Phủ mới. Đến khi Võ Vương Nguyễn Phúc Khoát lên cầm quyền năm 1738 thì phủ chúa mới trở về lại vị trí Phú Xuân và yên vị từ đó cho đến ngày thất thủ về tay quân họ Trịnh.
Trong thời kỳ Tây Sơn, Phú Xuân – Huế luôn là một địa bàn chiến lược được Nguyễn Huệ vô cùng coi trọng và chọn là nơi đóng đại bản doanh.
Năm 1802 Nguyễn Ánh tiêu diệt Tây Sơn lên ngôi hoàng đế lập ra triều Nguyễn và một lần nữa chọn Huế làm kinh đô cho triều đại mới vì nhiều lý do: về mặt lịch sử khi trước đó 9 đời chúa Nguyễn đã chọn đất Phú Xuân làm kinh đô, về địa thế Huế nằm ở trung tâm lãnh thổ Việt Nam thống nhất khi ấy, cũng như về chính trị khi ông lo ngại dân chúng phía Bắc còn thương tiếc triều Lê. Khi chọn Huế làm kinh đô, vua Gia Long đã cho xây dựng dạng kinh đô có tính phòng thủ: xây dựng một loạt tường thành, cung điện, công sở, đồn lũy ở bờ bắc sông Hương như Kinh Thành cùng với các phòng, bộ nha viện trong kinh thành, các công trình phòng thủ quân sự dọc bờ nước sông Hương, sông Hộ Thành và cửa biển Thuận An. Các công trình trên được xây dựng theo lối kiến trúc truyền thống của Huế, kết hợp với kiểu mẫu bố trí từ Trung Quốc và kỹ thuật quân sự, xây tường thành theo lối Vauban từ các nước phương Tây đồng thời tuân thủ theo nguyên tắc địa lý phong thủy phương Đông. Việc xây dựng này kéo dài suốt từ triều Gia Long tới triều vua Minh Mạng. Việc xây dựng này kéo dài suốt từ 1802 tới tận 1917 với một loạt các công trình phục vụ cho công việc triều đình, sinh hoạt, tín ngưỡng giải trí của vua quan như: Lục Bộ Đường, Nội Các, Thái Y Viện, Đô Sát Viện, Khâm Thiên Giám, Thái Miếu, Hưng Miếu, điện Phụng Tiên… Ngoài kinh thành còn có các công trình phục vụ giáo dục như Văn Miếu, Võ Miếu, Quốc Tử Giám, Trường Thi...; ngoại giao như Thượng Bạc Viện và giải trí như Hổ Quyền. Cũng trong khoảng thời gian này, Huế đã tự hình thành cho mình một phong cách xây dựng lăng tẩm riêng theo phong cách triết học có sự chi phối của phong thủy địa lý, kết hợp phong cách nhà vườn Huế với phong cách cung đình Huế như ở các khu lăng tẩm tiêu biểu của vua Gia Long, Minh Mạng, Thiệu Trị, Tự Đức, Dục Đức và Đồng Khánh. Ngoài các công trình trên, giai đoạn này cũng là giai đoạn nhiều chùa quán, đền miếu được xây dựng trùng tu với bốn ngôi quốc tự Thiên Mụ, Giác Hoàng, Diệu Đế, Thánh Duyên và quốc quán Linh Hựu cùng với nhiều chùa chiến đền miếu nhỏ khác. Việc này đã hình thành thiền kinh của Phật giáo Việt Nam thế kỷ thứ 19. Cũng với sự có mặt của hoàng gia, giai đoạn này hàng loạt các công trình phủ đệ được xây dựng mà lúc đỉnh cao có đến 85 phủ .
Từ năm 1917, nhiều công trình dân sự mang phong cách kiến trúc châu Âu vào Huế. Tiền đề của việc này đã có từ năm 1884, khi triều đình ký hiệp ước Patenôtre mở đường cho người Pháp xây dựng các công trình mang kiến trúc Châu Âu ở trấn Bình Đài và lân cận: tòa Khâm Sứ Trung Kỳ ở bờ nam sông Hương được xây dựng và một loạt các công trình: dinh Công Sứ, nhà Dây Thép, nhà Đoan, nhà Đèn.. cùng với sự xuất hiện của khu phố Tây đã khiến cho các trại binh nhà Nguyễn ở nam sông Hương bị xóa sổ và dạng kiến trúc dân sự châu Âu xuất hiện ở Huế. Đến năm 1916, khi vị vua chống Pháp là Duy Tân bị bắt và đày đi đảo La Réunion và lập Khải Định lên ngôi, phong cách kiến trúc Châu Âu bắt đầu chính thức xâm nhập mạnh mẽ vào Huế kể cả các công trình đền đài cung điện. Vua Khải Định bắt đầu cho xây dựng, cải tạo hàng loạt công trình với phong cách kiến trúc mới, vật liệu mới phi truyền thống mà tiêu biểu là xây mộ vua Đồng Khánh năm 1917, cải tạo nâng cấp khu vực Hoàng Thành (1921-1923), xây An Định Cung và tiêu biểu nhất là Ứng Lăng với phong cách châu Âu kết hợp với lý số phong thủy phương Đông, trang trí theo Nho giáo. Người kế vị vua Khải Định là Bảo Đại cũng cải tạo một loạt các công trình trong Hoàng Thành theo phong cách Âu hóa tạo một diện mạo kiến trúc mới cho quần thể các di tích ở Kinh đô Huế.
Sau Cách mạng tháng Tám thành công kết thúc 143 năm trị vì của nhà Nguyễn, đồng thời cũng đánh dấu một giai đoạn khủng hoảng và suy thoái của quần thể di tích Huế. Việc người Pháp quay trở lại Đông Dương và sau đó là sự can thiệp của người Mỹ đã biến Huế với địa thế của mình những năm đó thành một chiến trường giành giật ác liệt của tất cả các phe tham chiến đặc biệt trong các chiến cuộc tháng 2 năm 1947 và tết Mậu Thân năm 1968. Một loạt công trình ở Huế trở thành phế tích. Điện Cần Chánh cùng hàng loạt công trình khác bị thiêu rụi, cầu Trường Tiền bị đánh sập 2 lần, Trấn Bình Đài bị quân đội Pháp rồi sau đó tới Quân lực Việt Nam Cộng hòa quân sự hóa mà tới giờ vẫn còn dấu tích. Trong sự kiện tết Mậu Thân 1968, các phe tham chiến giành giật nhau ác liệt Huế với cường độ bom đạn ác liệt đã tàn phá các di tích Huế dữ dội: đàn Nam Giao bị chặt trụi thông, các khu Quan Cư, Binh Xá, Thần Trù… vòng tường thành ngoài cùng bị phá hủy. Khu vực lăng tẩm bị rơi vào khu vực tranh chấp hoặc bị bom đạn tàn phá nặng nề. Ngoài ra năm 1953 và năm 1971, Huế còn trải qua hai trận lũ lớn càng làm cho các di tích Huế bị thương tổn nặng.
Sau 1975 kết thúc chiến tranh Việt Nam, toàn bộ quần thể di tích Huế bị tàn phá hư hỏng nặng nề với việc Tử Cấm thành gần như bị xóa sổ, các khu vực lăng tẩm đền miếu trong ngoài Kinh Thành bị hư hỏng nặng. Ngoài ra do không được chăm sóc, các công trình còn bị tàn phá bởi thiên nhiên, cây cỏ xâm thực, ao hồ tù đọng không nạo vét. Mặc dù chính quyền mới thành lập đã đưa việc lập xếp hạng di tích, đưa quần thể kiến trúc di tích Huế vào bảo vệ ngay những buổi đầu sau chiến tranh, nhưng do nhiều định kiến về chính trị khi ấy đã khiến việc bảo vệ di tu Huế vẫn bị lãng quên thậm chí xuất hiện việc sử dụng bừa bãi các công trình di tích không đúng mục đích, cho đến ngày thành lập Công ty Quản lý Lịch sử Văn hóa Huế vào năm 1982.
Năm 1981, tại Hà Nội, ông Amadou Mahtar M’Bow tổng giám đốc UNESCO đã ra lời kêu gọi cứu vãn Huế và phát động một cuộc vận động quốc tế giúp đưa việc di tu tôn tạo Huế trở lại quỹ đạo ban đầu. Năm 1982, nhóm công tác Huế-UNESCO được thành lập để theo dõi chỉ đạo công cuộc trùng tu lại Huế Nhóm này đã tổ chức được 9 kỳ họp để triển khai phân công công tác bảo tồn với sự hỗ trợ và hợp tác của chính quyền Việt Nam. Qua 19 năm tích cực thực hiện công cuộc khôi phục, di tích Huế đã từng bước được cứu vãn và hồi sinh. Nhiều di tích có mức độ hư hỏng từ 30{51d7edc44fad4ff8d4501dbeafa74d5024722e2fcded15682eb80efa1ad53c3c}-60{51d7edc44fad4ff8d4501dbeafa74d5024722e2fcded15682eb80efa1ad53c3c} đã được tu bổ. Trung Tâm Bảo tồn Di tích Cố Đô Huế đã sửa chữa nâng cấp tôn tạo nhiều công trình với tổng kinh phí trên 66 tỷ đồng từ ngân sách địa phương và viện trợ quốc tế trong đó có nhiều công trình giá trị cao như: Ngọ Môn, Thái Hòa, Hưng Tổ Miếu, Long An Điện, Kỳ Đài… Năm 1999 tiếp tục trùng tu một đợt lớn với kinh phí trên 20 tỷ đồng với ngân sách từ chính quyền trung ương Việt Nam là 11,5 tỷ. Cả UNESCO và chính phủ Việt Nam là hai nhân tố quan trọng cùng tác động và hỗ trợ quá trình phục hồi và hồi sinh quần thể di tích Huế. Năm 1998, UNESCO chính thức kiến nghị chấm dứt cuộc vận động quốc tế cứu vãn Huế để chuyển sang giai đoạn ủng hộ sự phát triển bền vững.
Chính phủ Việt Nam đã phê duyệt Dự án quy hoạch bảo tồn và phát huy giá trị khu di tích cố đô Huế từ năm 1995 đến năm 2010 nhằm định hướng cho công cuộc bảo tồn di tích Cố đô Huế.
Năm 1990, UNESCO đề nghị chính phủ Việt Nam lập hồ sơ một số công trình kiến trúc, thiên nhiên trong đó có khu Di tích Huế. Với sự hướng dẫn giúp đỡ của các chuyên gia UNESCO, trong hai năm 1992 và 1993, Trung tâm bảo tồn Di tích Cố Đô Huế đã thực hiện bộ hồ sơ về Quần thể di tích Cố đô Huế nộp lên Hội đồng Di sản Thế giới thuộc UNESCO (ICCROM). Tháng 3 năm 1993, một chuyên gia của ICCROM và IUCN đến Việt Nam để thẩm định giá trị của các khu vực Việt Nam nộp hồ sơ, trong đó có khu di tích Huế và đến tháng 9 năm 1993 Trung tâm Bảo tồn Di tích Cố đô gửi hồ sơ bổ sung cho UNESCO. Ngày 11 tháng 12 năm 1993 trong một phiên họp tại Carthagène (Colombia), Hội đồng đã ghi danh Quần thể di tích Cố đô Huế vào Danh mục Di sản Thế giới. Ngày 2 tháng 8 năm 1994, đích thân phó tổng giám đốc UNESCO, ông Daniel Janicot, đến Huế trao tấm bằng chứng nhận của UNESCO cho Huế có chữ ký của Tổng Giám đốc UNESCO, ông Fédérico Mayor Zaragoza với dòng chữ: “Ghi tên vào danh mục công nhận giá trị toàn cầu đặc biệt của một tài sản văn hóa hoặc thiên nhiên để được bảo vệ vì lợi ích nhân loại“.
